मुकर्जी के अनुसार भारतीय संस्कृति का इतिहास सांस्कृतिक समन्वय का इतिहास है। भारत की मौलिक संस्कृति उपनिषदों में वर्णित सिद्धांतों पर आधारित है तथा इसीलिए इसमें सभी क्रियाएँ मनुष्य को मोक्ष प्राप्ति के लिए प्रेरित करती हैं। रहस्यवादी परिप्रेक्ष्य को मुकर्जी ने भारतीय संस्कृति का मौलिक परिप्रेक्ष्य माना है। उनके विचारानुसार बौद्ध संस्कृति ने भारतीय संस्कृति को लचीला बना दिया। मुस्लिम शासनकाल में भारत की कोई विशेष प्रगति नहीं हुई। परंतु अंग्रेजी शासनकाल में भारतीय समाज की अर्थव्यवस्था में अनेक महत्त्वपूर्ण परिवर्तन हुए।
नवीन अर्थव्यवस्था, पश्चिमी शिक्षा तथा नवीन व्यवसायों ने भारतीय समाज में गतिशीलता की वृद्धि की तथा परंपरागत मध्यम वर्ग की समाप्ति कर एक ऐसे नवीन व चालाक मध्यम वर्ग का निर्माण किया जिसने सामाजिक-आर्थिक विकास में कोई विशेष भूमिका अदा नहीं की। इस मध्यम वर्ग (मुख्यत: जमींदार) ने भारत में अंग्रेजी शासनकाल की जड़े मजबूत करने में सहायता प्रदान की तथा इसी ने देश का विभाजन करने में भी सहायता दी। यह वर्ग भारत में अंग्रेजों की तरह शोषण करता रहा है और भारत के पुनर्गठन व पुनर्निर्माण की ओर उसने कोई विशेष ध्यान नहीं दिया। उन्होंने इस बात पर बल दिया कि अंग्रेजों ने भारतीय समाज का एकीकरण उस पर जबरदस्ती लादी गई बनावटी एकरूपता से किया, इसलिए इसके दूरगामी दृष्टि से अच्छे परिणाम नहीं हुए। उनका विचार था कि क्षेत्रीय संस्कृतियों की विशेषता की एकता से ही भारत । का नवनिर्माण हो सकता है।