खानवा के युद्ध में महाराणा सांगा की पराजय के निम्नलिखित कारण थे-
1. महाराणा सांगा की पराजय का मुख्य कारण बयाना विजय के तुरन्द बाद ही युद्ध न करके बाबर को तैयारी करने का पूरा समय देना था
2. राजपूत सैनिक परम्परागत हथियारों से युद्ध लड़ रहे थे। वे तीर, कमान, भालों व तलवारों से बाबर की तोपों के गोलों का मुकाबला नहीं कर सकते थे।
3. हाथी पर सवार होकर भी सांगा ने बड़ी भूल की क्योंकि इससे शत्रु को उस पर ठीक से निशाना लगाकर घायल करने का मौका मिला
4. राजपूत सेना में एकता और तालमेल का अभाव था क्योंकि सम्पूर्ण सेना अलग-अलग सरदारों के नेतृत्व में एकत्रित हुई थी।
5. अपनी गतिशीलता के कारण राजपूतों की हस्ति सेना पर बाबर की अश्व सेना भारी पड़ गयी। बाबर की तोपों ने सांगा के हाथियों को अपनी ही सेना को रौंदने का मौका दिया।