परमाणु के बोर मॉडल की दो कमियाँ निम्नलिखित है -
(i) यह केवल मात्र हाइड्रोजन के समान परमाणु जैसे - H, He+, Li++ आदि के स्पेक्ट्रा की व्याख्या करता है। बहुत से इलेक्ट्रॉन वाले परमाणु के स्पेक्ट्रा की व्याख्या के लिए असफल है।
(ii) बोर के मॉडल स्पेक्टल रेखा के फाइन संरचना की व्याख्या नहीं करता है।