जल प्रबंधन से संबंधित अनेक समस्याएँ हैं, जो निम्नलिखित हैं –
1. जल प्रबंधन की कठिनाई: जल प्रबंधन का कार्य एक कठिन कार्य है क्योंकि साधारणत: जल प्रबंधन स्थानीय स्तर पर ही होता है क्योंकि कई घटक इसके प्रबंधन के साथ जुड़े होते हैं और उनके मध्य सामंजस्य बैठाना सरल नहीं होता है, इस कारण यह एक चुनौती बन जाता है।
2. एजेंसियों की लापरवाही: नगरों में जल की आपूर्ति करना एक जटिल कार्य है। इस कार्य को पूरा करने की जिम्मेदारी कुछ निजी व सरकारी दोनों ही एजेंसियों को प्रदान की जाती हैं जिससे लोगों को पर्याप्त मात्रा में जल मिल सके, परंतु एजेंसियों के कर्मचारी इस कार्य का उत्तरदायित्व उचित प्रकार से निभा नहीं पाते हैं।